Qualitätswerte
| Author(s) |
 
Bérénice Batut
Natalie Kucher
Helena Rasche
|
| Translation |
Till Sauerwein
Renato Alves |
Aber was bedeutet dieser Qualitätswert?
Der Qualitätsscore für jede Sequenz ist eine Zeichenkette, eine für jede Base der Nukleotidsequenz, um die Wahrscheinlichkeit einer falschen Identifizierung jeder Base zu charakterisieren. Der Score wird unter Verwendung der ASCII-Zeichentabelle (mit einigen historischen Unterschieden) kodiert:
Um Platz zu sparen, zeichnet der Sequenzer ein ASCII-Zeichen auf, um die Punktzahlen 0-42 darzustellen. Zum Beispiel entspricht 10 einem “+” und 40 einem “I”. FastQC weiß, wie dies zu übersetzen ist. Dies wird oft als “Phred”-Bewertung bezeichnet.
Jedem Nukleotid ist also ein ASCII-Zeichen zugeordnet, das seinen Phred-Qualitätsscore, die Wahrscheinlichkeit eines falschen Basenrufs, darstellt:
| Phred Quality Score | Probability of incorrect base call | Base call accuracy |
|---|---|---|
| 10 | 1 in 10 | 90% |
| 20 | 1 in 100 | 99% |
| 30 | 1 in 1000 | 99.9% |
| 40 | 1 in 10,000 | 99.99% |
| 50 | 1 in 100,000 | 99.999% |
| 60 | 1 in 1,000,000 | 99.9999% |
Was bedeutet 0-42? Wenn man diese Zahlen in eine Formel einsetzt, erhält man die Fehlerwahrscheinlichkeit für diese Basis. Die Formel lautet wie folgt: Q ist unser Qualitätswert (0-42) und P ist die Fehlerwahrscheinlichkeit:
Q = -10 log10(P)
Mit dieser Formel können wir berechnen, dass eine Qualitätsbewertung von 40 nur 0,00010 Wahrscheinlichkeit eines Fehlers bedeutet!