Descripción General

• Esta es una breve introducción a la interfaz de usuario de Galaxy - La página web con la que vas a interactuar.
• En este tutorial vamos a cubrir tareas clave en Galaxy: cargar archivos, uso de herramientas y visualización de historiales.

Agenda

1. Descripción General
   1. ¿Qué aspecto tiene Galaxy?
2. Acciones clave en Galaxy
   1. Nombra tu historial actual
   2. Cargar un archivo
   3. Utilizar una herramienta
   4. Visualización de resultados
   5. Ejecutar otra herramienta
   6. Volver a ejecutar la herramienta con otros parámetros
   7. Crear un nuevo historial
   8. Visualiza todos tus historiales
3. Conclusión

¿Qué aspecto tiene Galaxy?

Práctica: Iniciar sesión en Galaxy

1. Abre tu navegador favorito (usa Chrome, Safari o Firefox, pero no Internet Explorer!)
2. Navega hasta tu instancia de Galaxy
3. Inicia sesión o regístrate

Comentario: Diferentes servidores Galaxy

Esta es una imagen de Galaxy Australia, situado en usegalaxy.org.au

El servidor de Galaxy que estás usando podría lucir un poco distinto y tener otra dirección web:

• El servidor principal de Galaxy es usegalaxy.org
• El servidor europeo de Galaxy es usegalaxy.eu

También puedes encontrar otros servidores de Galaxy en la parte superior de este tutorial en Available on these Galaxies

La página de inicio de Galaxy está dividida en tres paneles:

• Herramientas a la izquierda
• Panel de visualización en el centro
• Historial de análisis y archivos a la derecha

La primera vez que uses Galaxy, no encontrarás archivos en tu panel de historial.

Acciones clave en Galaxy

Nombra tu historial actual

Tu “Historial” está en el panel de la derecha.

Práctica: Nombrar historial

1. Ve al panel History (a la derecha)

2. Haz clic en el nombre del historial (que por defecto es “Unnamed history”)

   

3. Teclea el nuevo nombre, por ejemplo, “Mi-Analisis”
4. Presiona Enter en tu teclado para guardar

Comentario: ¿Cambiar el nombre no funciona?

Si cambiar el nombre no funciona, es posible que no hayas iniciado sesión, trata de iniciar sesión en Galaxy primero. Los usuarios anónimos tienen permitido tener un solo historial y no pueden cambiarle el nombre.

Cargar un archivo

Tus herramientas están en el panel de la izquierda.

Práctica: Cargar un archivo desde una dirección URL

1. En la parte superior del panel Tools (a la derecha), haz clic en galaxy-upload Upload

   

   Se desplegará el siguiente cuadro:

   

2. Haz clic en Paste/Fetch data

3. Pega la dirección de un archivo:

   https://zenodo.org/record/582600/files/mutant_R1.fastq
   

4. Haz clic en Start
5. Haz clic en Close

Tu archivo aparece ahora en tu historial actual. Cuando el archivo se haya cargado en Galaxy, aparecerá en color verde.

Comentario: Comentario

Después de esto, podrás ver tu primer elemento del historial (llamado “dataset”) en el panel derecho de Galaxy. Pasará de color gris (preparando/en cola) a amarillo (ejecutando) y luego a verde (cargado exitosamente)

¿Qué es un archivo?

Práctica: Visualizar el contenido de un conjunto de datos

1. Haz clic en el icono galaxy-eye (ojo) junto al nombre del conjunto de datos para visualizar su contenido

   

El contenido del archivo se desplegará en el panel central de Galaxy.

Este archivo contiene lecturas de secuenciación de ADN bacteriano en formato FASTQ:

Utilizar una herramienta

Echemos un vistazo a la calidad de las lecturas de este archivo

Práctica: Utilizar una herramienta

1. Teclea FastQC en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (parte superior)

2. Haz clic en la herramienta FastQC ( Galaxy version 0.72)

   La herramienta se desplegará en el panel central de Galaxy.

3. Selecciona los siguientes parámetros:
   • param-file “Short read data from your current history”: el archivo en formato FASTQ que cargamos
   • Deja sin cambios el resto de los parámetros
4. Haz clic en Execute

La herramienta se ejecutará y dos nuevos archivos de salida aparecerán en la parte superior de tu panel de historial.

Visualización de resultados

Vamos a ver el archivo de salida llamado FastQC on data 1: Webpage.

Comentario: Comentario

• Observa que Galaxy ha nombrado este conjunto de datos usando como base el nombre de la herramienta con que se generó (“FastQC”) y el archivo de entrada (“data 1”)
• El nombre “data 1” significa que la salida corresponde al conjunto de datos número 1 en el historial actual de Galaxy (nuestro archivo FASTQ).

Práctica: Visualización de resultados

• Haz clic en el icono galaxy-eye (ojo) junto a la salida “Webpage”.

  La información se desplegará en el panel central

  

Esta herramienta resume la información de calidad de todas las lecturas en nuestro archivo FASTQ.

Preguntas: Preguntas

1. ¿Cuál es la longitud de las lecturas en nuestro archivo FASTQ?
2. ¿Estas lecturas tienen valores de calidad más altos en el la región central de la secuencia o en los extremos?

Solución: Respuestas

1. 150 bp
2. En el centro

Ejecutar otra herramienta

Vamos a ejecutar otra herramienta para filtrar las lecturas de baja calidad de nuestro archivo FASTQ.

Práctica: Ejecutar otra herramienta

1. Teclea Filter by quality en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (parte superior)
2. Haz clic en la herramienta Filter by quality ( Galaxy version 1.0.1)
3. Selecciona los siguientes parámetros:
   • param-file “Input FASTQ file”: Nuestro archivo inicial el formato FASTQ
   • “Quality cut-off”: valor de corte de calidad = 35
   • “Minimum percentage”: Porcentaje de bases en la secuencia que debe tener calidad mayor o igual al valor de corte de calidad = 80
4. Haz clic en Execute

Una vez que la herramienta se ha ejecutado, los archivos de salida aparecerán en la parte superior de tu panel de historial.

• El conjunto de datos de salida se llamará “Filter by quality on data 1”.
• Recuerda que Galaxy nombra el archivo de salida de acuerdo a la herramienta utilizada (“Filter by quality”) y al conjunto de datos de entrada (“data 1”).
• Los números que aparecen frente a los conjuntos de datos en el historial no son importantes.

¿Cuáles son los resultados de esta herramienta de filtrado?

Podríamos hacer clic en el icono del ojo para ver el contenido de este archivo de salida, pero no será muy informativo, solo veremos una lista de lecturas.

Práctica: Obtener metadatos de un archivo

1. Haz clic en el nombre de un conjunto de datos de salida en el panel de historial.

   Esta acción expandirá la información que se tenga sobre el archivo.

   

Preguntas: Pregunta

¿Cuántas lecturas han sido descartadas?

Solución: Respuesta

Se descartaron 1786 lecturas de baja calidad

Volver a ejecutar la herramienta con otros parámetros

Ahora hemos decidido que nuestro conjunto de datos de entrada tiene que ser filtrado usando un criterio de calidad aún más estricto. Vamos a cambiar los parámetros de filtrado y volveremos a ejecutar la herramienta.

Práctica: Volver a ejecutar la herramienta

1. Haz clic en el icono galaxy-refresh (Run this job again) para el set de datos de salida Filter by quality tool

   

   La interfaz de la herramienta aparecerá en el panel central con los valores de parámetros que utilizamos previamente para generar este set de datos

2. Cambia los parámetros para un filtrado más estricto

   Por ejemplo, podrías decidir que el 80 por ciento de las bases tengan una calidad de 36 o superior, en lugar de 35.

3. Haz clic en Execute
4. Visualiza los resultados: Haz clic en el nombre del conjunto de datos de salida para expandir la información. (Nota: No uses el icono galaxy-eye (ojo))

Preguntas: Preguntas

¿Cuántas lecturas fueron descartadas bajo estas nuevas condiciones de filtrado?

Puedes volver a ejecutar la herramienta varias veces cambiando los parámetros. Cada vez que vuelvas a ejecutar la herramienta, el nuevo conjunto de datos de salida aparecerá en la parte superior de tu historial actual.

Crear un nuevo historial

Vamos a crear un historial nuevo.

Práctica: Nuevo historial

1. Crear un nuevo historial

   Consejo: Para la creación de un historial nuevo

   Haz click sobre el icono new-history en la parte superior del panel de historiales.

2. Cambiar el nombre de tu historial, e.g. “Nuevo-Analisis”

   Consejo: Cambiando el nombre de un historial

   1. Haz clic sobre Unnamed history (o el nombre que tenga el historial sobre el que estás trabajando) (Haz clic para cambiar el nombre del historial) en la parte superior de tu panel de historial
   2. Escribe el nombre nuevo
   3. Pulsa Enter

Este nuevo historial todavía no tiene datos.

Visualiza todos tus historiales

¿Dónde está tu primer historial llamado “Mi-Analisis”?

Práctica: Visualizar historiales

1. Haz clic en el icono View all histories (galaxy-columns) en la parte superior derecha de tu historial

   

   Aparecerá una nueva página donde se desplegarán todos tus historiales.

2. Copia un conjunto de datos a tu historial nuevo
   1. Haz clic en el archivo FASTQ en el historial “Mi-Analisis”
   2. Arrastralo al historial “Nuevo-Analisis”

   Esto generará una copia del conjunto de datos en tu historial nuevo (sin utilizar espacio de disco adicional)

3. Haz clic en el icono galaxy-home (o en Analyze Data en versiones anteriores de Galaxy) en la parte superior para regresar a la ventana de análisis

Open image in new tab

Tu ventana principal de Galaxy mostrará el historia actual como “Nuevo-Analisis” y contendrá un conjunto de datos.

Puedes regresar a la página “View all histories” en cualquier momento para cambiar de historial.

Conclusión

trophy ¡Bien hecho! Has completado el tutorial de Breve introducción a Galaxy, donde aprendiste a nombrar un historial, cargar un archivo, utilizar una herramienta y visualizar los resultados. Hay tutoriales adicionales disponibles para una introducción más detallada a las funciones de Galaxy.

Puntos clave

• La interfaz gráfica de Galaxy tiene las herramientas a la izquierda, el panel de visualización en el centro, y el historial de análisis de tus datos a la derecha.

• Puedes crear un historial nuevo en cada análisis. Todos tus historiales serán guardados.

• Para subir datos a Galaxy, puedes cargar un archivo pegando la dirección de una página web. Existen otras formas de subir datos a Galaxy (que no serán cubiertas en este tutorial): cómo cargar un archivo desde tu computadora e importar un historial completo.

• Selecciona una herramienta y cambia cualquier configuración para tu análisis.

• Ejecuta la herramienta. Los archivos de salida se guardarán en la parte superior de tu historial.

• Visualiza los archivos de salida haciendo clic en el icono del ojo.

• Visualiza todos tus historiales y mueve archivos entre ellos. Cambia a un historial diferente.

• Termina sesión en tu servidor de Galaxy. Cuando vuelvas a iniciar sesión (en el mismo servidor), tus historiales estarán allí.

Preguntas frecuentes

Retroalimentación

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Cómo citar este tutorial

1. Anna Syme, Patricia Carvajal López, Alejandra Escobar-Zepeda, Breve introducción a Galaxy - en español (Galaxy Training Materials). https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/tutorial_ES.html Online; accessed TODAY
2. Hiltemann, Saskia, Rasche, Helena et al., 2023 Galaxy Training: A Powerful Framework for Teaching! PLOS Computational Biology 10.1371/journal.pcbi.1010752
3. Batut et al., 2018 Community-Driven Data Analysis Training for Biology Cell Systems 10.1016/j.cels.2018.05.012

BibTeX

@misc{introduction-galaxy-intro-short,
author = "Anna Syme and Patricia Carvajal López and Alejandra Escobar-Zepeda",
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	year = "",
	month = "",
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	note = "[Online; accessed TODAY]"
}
@article{Hiltemann_2023,
	doi = {10.1371/journal.pcbi.1010752},
	url = {https://doi.org/10.1371%2Fjournal.pcbi.1010752},
	year = 2023,
	month = {jan},
	publisher = {Public Library of Science ({PLoS})},
	volume = {19},
	number = {1},
	pages = {e1010752},
	author = {Saskia Hiltemann and Helena Rasche and Simon Gladman and Hans-Rudolf Hotz and Delphine Larivi{\`{e}}re and Daniel Blankenberg and Pratik D. Jagtap and Thomas Wollmann and Anthony Bretaudeau and Nadia Gou{\'{e}} and Timothy J. Griffin and Coline Royaux and Yvan Le Bras and Subina Mehta and Anna Syme and Frederik Coppens and Bert Droesbeke and Nicola Soranzo and Wendi Bacon and Fotis Psomopoulos and Crist{\'{o}}bal Gallardo-Alba and John Davis and Melanie Christine Föll and Matthias Fahrner and Maria A. Doyle and Beatriz Serrano-Solano and Anne Claire Fouilloux and Peter van Heusden and Wolfgang Maier and Dave Clements and Florian Heyl and Björn Grüning and B{\'{e}}r{\'{e}}nice Batut and},
	editor = {Francis Ouellette},
	title = {Galaxy Training: A powerful framework for teaching!},
	journal = {PLoS Comput Biol} Computational Biology}
}

                   

Galaxy Administrators: Install the missing tools

You can use Ephemeris's shed-tools install command to install the tools used in this tutorial.

shed-tools install [-g GALAXY] [-a API_KEY] -t <(curl https://training.galaxyproject.org/training-material/api/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/tutorial.json | jq .admin_install_yaml -r)

Alternatively you can copy and paste the following YAML

---
install_tool_dependencies: true
install_repository_dependencies: true
install_resolver_dependencies: true
tools:
- name: fastq_quality_filter
  owner: devteam
  revisions: 43a7370aa010
  tool_panel_section_label: FASTA/FASTQ
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
- name: fastq_quality_filter
  owner: devteam
  revisions: ce9cd02d5b88
  tool_panel_section_label: FASTA/FASTQ
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
- name: fastqc
  owner: devteam
  revisions: 9da02be9c6cc
  tool_panel_section_label: FASTA/FASTQ
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
- name: fastqc
  owner: devteam
  revisions: 3d0c7bdf12f5
  tool_panel_section_label: FASTA/FASTQ
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/

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April 2024

• 5 stars: Liked: La claridad en la explicación

October 2023

• 4 stars: Liked: It was very clear and detailed Disliked: Some of the options were not updated, or at least they show different in my browser (galaxy.ue). Specifically in the FastQC "short..."
• 5 stars: Liked: Easy and completed Disliked: You should try more video clips content but I think tihs tuturial is great

April 2023

• 5 stars: Liked: It was easy to follow and really didactic Disliked: Maybe a more complex exercise at the end or an explanation of all the potential of the tools in Galaxy

November 2022

• 5 stars: Liked: Detailed explanations/tips/examples.

October 2022

• 5 stars: Liked: The simplicity and the start level, you can start in a very basic level. Disliked: There is sth you have toke take in mind, when you copy the dataset a space is coppied at the beggining of the link. With this space the dataset is not ridden.

November 2021

• 5 stars: Liked: Very easy Disliked: Other practical tools.
• 5 stars: Liked: It is very simple and understandable Disliked: add an image of where to locate "See all histories"
• 5 stars: Liked: Lo amigable del programa Disliked: Incluir la aplicación de cada herramienta usada
• 5 stars: Liked: The webpage is friendly Disliked: This is my first time on platform, so I need to explore more
• 5 stars: Liked: That goes step by step, shows and explains each section Disliked: Give an example of where we can obtain the sequences or which links are the ones that can be used.