Una Breve Introducción a Galaxy

Contributors

Authors: Saskia Hiltemann Helena Rasche Nicolas Palopoli Jolene Ramsey

Questions

• ¿Qué es Galaxy?

• ¿Por qué debería usar Galaxy?

• ¿Cómo uso Galaxy?

• ¿Cómo puedo conectarme con la Comunidad Galaxy?

¿Qué es Galaxy?

Speaker Notes

¿Qué es Galaxy?

** Análisis de datos intensivos para todos**

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• Plataforma para Análisis de Datos
• Basado en la Web
• Fácil de usar

• Gratis y de Código Abierto

• Muchas herramientas (~8000)
• Popular (>10.000 publicaciones)
• Extensos tutoriales disponibles

]

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.footnote[Página principal: galaxyproject.org]

Speaker Notes

• Galaxy es una plataforma web para el análisis de datos.
• Es fácil de usar y completamente gratis.
• Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas para análisis.
• Galaxy se usa extensamente. Actualmente tiene más de diez mil publicaciones.

¿Por qué usar Galaxy?

• Es fácil!
  • No se necesita instalación, solamente un navegador.
  • No hay comandos complejos, ¡simplemente apunta y haz clic!
• Es reproducible
  • Galaxy mantiene un registro de los detalles del análisis.
• Multidisciplinar: bioinformática, química, ecología, climatología, ..

Speaker Notes

• Análisis de datos puede ser muy complejo.
• Muchas veces requiere conocimiento especializado de programación o habilidades en la interfaz de línea de comandos.
• Galaxy facilita el trabajo proveyendo una interfaz gráfica de usuario para herramientas populares en análisis de datos.
• Galaxy se basa en la web. Esto significa que no tienes que instalar nada, solamente abre tu navegador y accede a Galaxy.
• Galaxy apoya muchas disciplinas científicas diferentes.

¿Cómo uso Galaxy?

Speaker Notes

• ¿Cómo uso Galaxy?

Encontrar un servidor de Galaxy

• Las Tres Grandes: Galaxy Principal (usegalaxy.org), Galaxy Europa (usegalaxy.eu), Galaxy Australia (usegalaxy.org.au)

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• Existen muchos más servidores de Galaxy dedicados a ámbitos específicos (125+)
• Lista de todas los servidores públicos de Galaxy: galaxyproject.org/use

Speaker Notes

• Hay tres servidores principales. Son Galaxy Principal, Galaxy Europa, y Galaxy Australia.
• Estas tres Galaxies tienen los equipos más grandes detrás de ellos, y ofrecen la mayoría de las herramientas y recursos.
• Puedes acceder a una cuenta gratis en cualquiera de estos servidores.
• Además, hay muchos servidores más pequeños donde elegir.
• Muchos de ellos se dedican a una disciplina. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se enfoca en las herramientas y workflows de la proteómica.

La interfaz de Galaxy

• Los tres paneles principales
  • Izquierdo: Herramientas disponibles
  • Centro: Ver tus datos y ejecutar una herramienta
  • Derecho: Registro completo de tus análisis historia

Speaker Notes

• La interfaz para el usuario de Galaxy consiste en tres partes principales.
• A izquierda, se muestra la lista de herramientas disponibles.
• En el panel central ejecutarás tus herramientas de análisis y verás tus datos y resultados.
• A la derecha hay un registro completo de la historia de tus análisis.

Cargar datos

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• Cargar desde tu ordenador

• Importar archivos desde enlace URL

• Importar desde almacenajes de datos públicos

  • UCSC, NCBI, ENA, muchos más..

]

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Speaker Notes

• El primer paso de un análisis es cargar tus datos en Galaxy.
• Esto se puede hacer de varias maneras.
• Puedes cargar archivos desde tu ordenador.
• O puedes usar un enlace URL, y Galaxy descargará los datos desde allí.
• Aún más, Galaxy puede importar datos directamente de varios almacenajes de datos en línea, por ejemplo UCSC, NCBI, y muchos más.

Historia

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• Archivos aparecen en tu historia

• Tres botones
  • galaxy-eye Ver el archivo
  • galaxy-pencil Editar atributos
    • p.ej. cambiar nombre
  • galaxy-delete Borrar archivo
• Hacer clic para expandir
  • información sobre el archivo
    • formato, tamaño …
  • vista previa del archivo
  • opciones del archivo
    • descargar, visualizar …

]

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Speaker Notes

• Todos los archivos que cargas aparecerán en tu historia.
• Hay tres botones en cada conjunto de datos en tu historia.
• El icono del ojo te deja ver el conjunto de datos. Esto aparecerá en el panel central de Galaxy.
• El icono del lápiz te deja editar los atributos del archivo. Por ejemplo puedes cambiar el nombre del archivo aquí.
• El icono de la equis te deja borrar el conjunto de datos de tu historia.
• Puedes hacer clic para expandir el conjunto de datos. Esto dará más información y opciones.

Encontrar una herramienta

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• Explorar las secciones del panel de herramientas
• Teclear un nombre en el campo Buscar herramientas ]

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• galaxy-star Star (añadir una estrella) a tus herramientas favoritas para encontrarlas más fácilmente.

Speaker Notes

• Después de cargar tus datos, estás listo para ejecutar herramientas.
• Puedes encontrar herramientas explorando la lista a la izquierda.
• Si ya conoces el nombre de la herramienta que quieres usar, puedes teclearlo en el campo de búsqueda que se ubica en la parte de arriba del panel de herramientas.
• Si has encontrado una herramienta que te gusta, puedes añadirla a tus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte de arriba de la herramienta.

Ejecutar una herramienta

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• Elegir los archivos de entrada
• Establecer paramétros de la herramienta

• Ejecutar

• Debajo del formulario de la herramienta:
  • Ayuda
  • Cita de la herramienta

]

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Speaker Notes

• Cuando hagas clic en la herramienta, aparecerá en el panel del centro.
• Aquí puedes seleccionar tus archivos de entrada e indicar los parámetros para la herramienta.
• Luego puedes hacer clic en el botón ‘ejecutar’ para iniciar la herramienta.

Resultados del análisis

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• Salidas de la herramienta se añaden a la historia

• Estados diferentes de los conjuntos de datos
  • esperando , ejecutando , éxito, fallado
• Expandir para más opciones
  • galaxy-save Descargar conjunto de datos
  • galaxy-info Información sobre la ejecución de una herramienta
  • galaxy-refresh Recargar herramienta con los mismos parámetros
  • galaxy-barchart Visualizar conjunto de datos
• Conjunto de datos rojo?
  • galaxy-bug Hacer clic en icono de insecto
    • ver mensaje de error
    • enviar reporte de error ]

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Speaker Notes

• Los resultados del análisis se añadirán a tu historia.
• Verás estos archivos de salida pasando por varios estados.
• Cuando un conjunto de datos está en gris, significa que está esperando para ejecutar.
• Cuando está amarillo, significa que la herramienta está ejecutando.
• Cuando la herramienta termine, las salidas aparecerán verdes si la herramienta se ejecutó con éxito.
• Puedes hacer clic en cada artículo en la historia para más información y opciones.
• Por ejemplo, puedes descargar el archivo a tu ordenador.
• O puedes recargar la herramienta con los mismos parámetros.
• También hay una opción para visualizar tus datos.
• Si hay un problema con la herramienta, el color se convertirá en rojo.
• Puedes hacer clic en el icono del insecto para ver el mensaje de error o enviar un reporte del error a los administradores de Galaxy.

Visualizaciones

• Galaxy tiene muchas opciones para visualizar los datos

Speaker Notes

• Galaxy también tiene muchas opciones para visualizar tus conjuntos de datos.
• Dependiendo del tipo de datos, habrá diferentes opciones para visualizar.

Múltiples Análisis

• ¿Empezando un nuevo análisis? Crea una nueva historia new-history
• Puedes tener tantas historias como quieras
• Puedes ver todas tus historias galaxy-history
• Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis

Speaker Notes

• Cuando quieres empezar un nuevo análisis, puedes crear una nueva historia usando el icono del signo más en la parte superior del panel de la historia.
• Puedes tener tantas historias como quieras.
• Puedes intercambiar fácilmente entre historias.
• Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis.

Workflows

• Ejecutar análisis extremo a extremo con un clic

• Extraer de una historia
• Construir manualmente con el editor de workflows
• Importar un workflow compartido

Speaker Notes

• Los workflows te permiten ejecutar tus análisis fácilmente.
• Hay múltiples maneras de crear un workflow.
• Los workflows se pueden extraer automáticamente de una historia.
• Esto quiere decir que puedes hacer el análisis manualmente solo una vez, y luego repetirlo con diferentes datos de entrada.
• Puedes construir workflows a mano usando el editor.
• O puedes importar un workflow que alguien ha compartido contigo.

Compartir

• Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy
  • Historias, Workflows, y Visualizaciones
• Opciones para compartir
  • Compartir con usuarios específicos
  • Compartir vía enlace
  • Publicar para hacerlo visible a todos

Speaker Notes

• Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir.
• Puedes compartir tus historias, tus workflows, y tus visualizaciones.
• Hay diferentes maneras para compartir tu trabajo.
• Lo puedes compartir con usuarios específicos en Galaxy.
• O puedes obtener un enlace para compartir con cualquier persona.
• Si publicas tu trabajo, será visible a todos.

Aprendiendo Galaxy

• Material formativo en Galaxy (training.galaxyproject.org)

Speaker Notes

• Si deseas aprender más sobre Galaxy, hay un gran número de tutoriales disponibles.
• Estos tutoriales cubren un gran rango de dominios científicos.

Obteniendo Ayuda

• Foro de Ayuda (help.galaxyproject.org)

  

• Gitter Chat

  • Chat principal
  • Galaxy Training Chat
  • Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores y administradores)

Speaker Notes

• Si te bloqueas, hay maneras de conseguir ayuda.
• Puedes hacer tus preguntas en el foro de ayuda.
• O puedes chatear con la comunidad en Gitter.

Únete a un evento

• Muchos eventos de Galaxy a través del globo.
• Eventos en el horizonte: galaxyproject.org/events

Speaker Notes

• Hay eventos de Galaxy en todo el mundo, a menudo.
• Puedes encontrar eventos próximos en el Horizonte de Eventos de Galaxy.

Key Points

• Galaxy te permite hacer complejos análisis de datos directamente desde tu navegador
• Estos análisis son *reproducibles*; Galaxy mantiene registro de todos los detalles de tus análisis
• Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa
• Hay mucho material de entrenamiento disponible para aprender Galaxy

Thank you!